虚开增值税专用发票罪侵犯的客体是增值税征管秩序。首先，这是法律规定的结果。从税收法律看，税收征管秩序可分为消费税征管秩序、企业所得税征管秩序、营业税征管秩序等，增值税征管秩序是税收征管秩序下的一个类别。从刑法看，该罪的犯罪对象为增值税专用发票，且危害行为发生在增值税征缴过程中，犯罪客体是增值税征管秩序。其次，将该罪客体界定为增值税征管秩序是区分此罪与彼罪的必要性使然。如行为人通过开具虚假增值税专用发票方式增加主营业务成本，少缴企业所得税，则涉嫌逃税罪而非虚开增值税专用发票罪，因为它没有侵害增值税征管秩序。
有观点认为，如果虚开、代开增值税等发票的行为不具有骗取国家税款的危险，则不宜认定为虚开增值税专用发票罪。笔者认为，这种观点可能轻纵犯罪嫌疑人，不能全面有效保护增值税征管秩序。因为增值税专用发票，不仅有保证国家税收收入的功能，而且还有记录经济活动、维护市场经济秩序的功能。从立法原意上看，刑法将虚开增值税专用发票罪放置在分则第三章即“破坏社会主义市场经济秩序罪”中，表明其着眼点是保护市场经济秩序。如果在认定该罪虚开数额时，片面强调保护国家税收收入，那么就违背了立法原意。我们在确定虚开增值税专用发票罪的“虚开数额”时，不但要把危及或侵害国家税收的数额计入“虚开数额”，还要把仅仅侵害增值税征管程序部分的数额计入“虚开数额”。笔者主张以“是否严重侵害增值税征管秩序或危及国家税收收入”作为是否侵犯虚开增值税专用发票罪客体的分界点，以缩小犯罪圈。
从这个角度来看，可将虚开行为区分为一般违法性虚开和犯罪性虚开。
一般违法性虚开。刑法第205条从行为角度将“虚开”界定为“四种方式”之一，为认定“虚开行为”中的“开具”提供了审查依据。1996年最高人民法院发布的《关于适用<全国人民代表大会常务委员会关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定>的若干问题的解释》(下称《最高法解释》)第1条从“票面信息”与“实际货物购销、应税劳务”是否相符角度将“虚开”界定为“三种形式”之一，为认定“虚开行为”中的“虚假”提供了审查依据。符合上述要求未达到量刑起点的行为具有社会危害性，属于“一般违法性虚开”。
犯罪性虚开。税收征收管理法第21条和《中华人民共和国发票管理办法》第2条均把发票的“印制、领购、开具、取得、保管、缴销”六环节作为发票管理过程。但刑法第205条规定的“虚开”实际上仅把“开具、取得”两环节纳入调整范围。有观点认为该罪是行为犯，笔者并不赞同，理由是:
行为犯观点扩大了该罪的规制范围。从征纳实践看，增值税专用发票的“开具、取得”行为可细分为开票人的开票、交付、纳税申报和受票人的收票、认证、抵扣申报以及税款抵扣等更小环节。从社会危害程度看，尽管开票人的开票、交付行为和受票人的收票、认证行为具有一定社会危害性，但还没达到“严重侵害增值税征管秩序程序或危及国家税收收入”程度。因此，在认定刑法上“虚开”行为的起点时，应将进程后移。又由于《最高法解释》规定“骗取税款数额”入罪量刑标准，为避免法规间出现逻辑矛盾，在认定“虚开行为”时其进程不能达到税款抵扣程度。因此，可将“开票人进行纳税申报或受票人进行抵扣申报”作为认定“虚开行为”侵害虚开增值税专用发票罪客体起点。
行为犯观点会导致司法实践认定难。如某行为人，虽然虚开增值税专用发票，但还未转交给他人未进行抵扣申报。因其有虚开行为，司法机关以涉嫌犯罪对其立案侦查。此时，该行为人可辩解“虚开”是为了向交易伙伴证明自己经济实力或虚增营业成本将来少缴所得税，也可承认是为了进项税额抵扣。这时是认定其不构成犯罪，还是认定其构成逃税罪或虚开增值税专用发票罪?显然，无法认定。
有观点认为，应将“开票人进行纳税申报或受票人进行抵扣申报”作为认定“犯罪性虚开行为”的起点，理由是刑法修正案(七)已对刑法第201条作了修改，逃税罪客观方面的构成要件是“采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报”，而没有把“纳税申报”作为必备客观要素。虚开增值税专用发票罪和逃税罪同为危害税收征管秩序罪，在客观要素上应保持一致。对此，笔者认为，这会导致刑法体系混乱。第一，从法定刑看，虚开增值税专用发票罪的法定刑重于逃税罪法定刑，应对构成要件进行限缩解释。第二，从罪名关系看，虚开增值税专用发票罪和逃税罪是法条竞合，逃税罪属普通法条而虚开增值税专用发票罪属特别法条。虚开增值税专用发票罪行为范围小于逃税罪行为范围是正常现象。
综上，笔者认为，可将“开票人进行纳税申报或受票人进行抵扣申报”作为认定虚开行为的起点。